根据民政部的部署安排，2019年6月，由北京中审亚太会计师事务所，对协会2014年1月1日至2019年4月30日的财务负债和业务收支情况进行了抽查审计。7月11日至19日，由北京兴中海会计师事务所对协会法定代表人秦新华2005年至2016年任职期间履行经济责任情况进行了专项审计。

两轮审计中，审计机构在充分肯定协会成绩的同时，严肃指出了往来账目清理不及时、未申报企业所得税、固定资产账实不符、会计核算不合规等问题。对此，协会专门召开会议，学习理解审计报告精神，采取多项措施，坚定积极地进行了一系列整改。对固定资产逐件进行盘点核实，搞清楚现有数量和财务状况；对财务开支把关不到位、随意乱下开支科目的财务人员做出严肃处理；对协会全体人员进行“依法治会，严守纪律，按规办事”专题教育，集体学习财政部印发的《民间非营利组织会计制度》等规章；从规范管理入手，结合协会实际，制定了包括财务管理在内的《中国优生优育协会建设管理若干制度》；专门成立领导小组，聘请法律顾问，着手全面清理协会经营创收和经费管理方面的历史遗留问题。在此基础上，对一时无法整改的问题拿出整改计划措施，于2019年9月9日向国家卫健委、民政部有关部门呈报了整改报告。

前一时期，协会针对卫健委职能部门指出的三个重点问题，再次进行了深入研究，进一步落实兑现整改措施。尤其是对个别领导工资取酬问题做了深入调研核实，认真总结财务管理方面的深刻教训，以确保今后严格执行上级有关规定，坚决杜绝违规问题发生；全面规范财经管理行为，专门制定《中国优生优育协会财务管理暂行规定》、《中国优生优育协会预算编制办法》，从严管控经费开支；制定《固定资产登记管理办法》，完善了登记、折旧、报废、账务处理等手续，确保协会资产不流失；对审计过程中指出的会计核算存在不合规几个具体问题，待上级批准秦新华会长离任审计报告、完成法定代表人更换后，将在第一时间召开会议，进行纠正。

驻会领导和工作人员一致表示，在协会换届后的新的发展阶段，一定要全面贯彻落实“为民办会、事业立会、品牌兴会、依法治会”的方针，继续加大整改提高的力度，严格执行各项法规制度，确保协会建设健康有序发展。